La genesi delle isole Eolie va ricercata nello scontro tettonico tra la placca Africana e quella Euro-Asiatica. La subduzione della litosfera africana al di sotto di quella Euro-Asiatica, ha generato una struttura complessa, detta arco vulcanico, formata da una porzione emersa ed una sommersa, con uno sviluppo di circa 200 km.

Infatti, oltre alle “sette sorelle”, emerse in seguito ad eruzioni succedutesi nel corso dei millenni, fanno parte dell’arco eoliano anche dei vulcani sottomarini (seamounts), quali ad esempio: Eolo, Enarete, Sisifo, Marsili ecc.

Lo Stromboli è un vulcano alto circa 3000 mt., in quanto si estende per 2000 mt. sotto il livello del mare e per 926 sopra la superficie.
La prima manifestazione del suo vulcanismo è data dall’apparato di Strombolicchio, formatosi circa 230.000 anni fa. Quello che attualmente rimane di esso è un neck vulcanico, ovvero una struttura a forma di collo, formata da roccia solidificata all’interno del condotto e messa a nudo dall’erosione.
Le fasi successive sono:
Paleo-Stromboli (da circa 100.000a 35.000 anni fa);
Vancori (da circa 35.000 a 13.000 anni fa);
Neo-Stromboli(da 13.000 a 5000 anni fa);
Stromboli recente (da 5000 anni fa fino ai nostri giorni)

I collassi del versante nord-occidentale e le frane successive hanno generato intorno a 5000 anni fa la cosiddetta “Sciara del Fuoco”, una depressione a ferro di cavallo all’interno della quale si riversano quasi tutti i materiali eruttati dai crateri in attività.

I crateri attivi dello Stromboli recente, si trovano a circa 200 mt. al di sotto dell’area sommitale dell’isola. Fino al 2002, erano tre e ben definiti: il cratere di Nord/Est, il Centrale e il Sud/Ovest.
Dopo le ultime eruzioni, a causa di violente attività esplosive e successivi collassi, i suddetti si sono trasformati in un unico cratere, all’interno del quale si trovano varie bocche in continuo divenire.
Lo Stromboli è uno strato-vulcano, cioè un apparato formatosi per accumulo di materiale piroclastico (esplosivo) e colate laviche.